Le Muséum d'Histoire naturelle figure parmi les premières collections publiques créées au lendemain de la Révolution Française à partir de riches cabinets privés d'Histoire naturelle, reflets de la passion de l'aristocratie et de la grande bourgeoisie pour les sciences.
La collection générale de zoologie présente des spécimens du monde entier de mammifères, oiseaux, reptiles, poissons, crustacés, papillons.
Ils sont le témoignage de l'importante activité portuaire de la Ville notamment au 18eme et 19eme siècles.
Une place importante est consacrée à la faune régionale avec les ours et les loups, avec les oiseaux du littoral Atlantique, les rapaces pyrénéens, les poissons de nos côtes et de nos rivières.
Dans un monde qui se préoccupe chaque jour davantage d'environnement le muséum est un témoin essentiel. Il permet de comprendre la logique de l'évolution des espèces, il nous sensibilise aux effets de l'action de l'homme qui participe directement ou indirectement à la disparition de nombreuses espèces.