Archéologie : découvertes archéologiques du Jura (préhistoire, époques gallo-romaine et mérovingienne)
modestes collections d'antiquités, , statuaire médiévale et renaissance
ensemble représentatif de l'art de la Renaissance au XXe siècle. A côté d'un précieux fonds Renaissance (portraits des ducs de Bourgogne, peintures flamandes et comtoises), les XVIIe et XVIIIe siècles sont représentés à travers les écoles française, italienne, nordique et comtoise. Collections d’art contemporain ancrées dans le contexte des années 60-70 : Figuration Narrative, Nouveau Réalisme, Coopérative des Malassis.