Les collections du musée se situent à la croisée de deux flux :
<> Le fonds d’horlogerie constitué par le musée des Beaux-arts - qui possède historiquement la première collection publique de France -
<> les collections du musée d’Histoire de la Ville. Histoire et horlogerie se rejoignent pour dessiner le profil d’un musée qui trouve ainsi son originalité.

Mais ce n’est qu’un début ; la dynamique de collecte se poursuit : objets technologiques, évoquant l’actualité des microtechniques, ou simples objets du quotidien, suggérant le sens de notre relation au temps.

Un fonds de plusieurs milliers d’objets

1 500 montres, ébauches et boîtes, plus d’une centaine d’horloges de parquet, comtoises et pendules... mais aussi un ensemble très original de 2 000 gravures liées à l’horlogerie, allant du 16e au 19e siècle.

De nombreux outils, machines, matériels scientifiques, au passé et au présent.

Objets collectés auprès de laboratoires européens de haute technologie : résonateurs et oscillateurs à quartz ; micromanipulateurs et robots...

L’histoire des collections d’horlogerie est celle de collectes et acquisitions continues et régulières, preuve de l’importance accordée par la Municipalité de Besançon à cette activité devenue aussi patrimoine. Ces collections sont complétées par des fonds d’art et d’histoire : iconographies du temps, portraits, objets de la vie quotidienne, documents sur l’industrie horlogère et sur l’histoire de la ville.

Autour d’une énigme : des mots, des images et des objets

Ces collections, variées mais convergentes, s’articulent autour du thème du Temps.

Domaine privilégié, la mesure du temps y fait l’objet d’une double approche :
- scientifique, pour l’utilisation de son aptitude à la précision par les secteurs de pointe dans les grandes aventures humaines,
- sociale et historique, car centrée sur l’organisation des sociétés autour d’un temps découpé, mesuré.

L’imaginaire s’impose aussi pour les thèmes qui tentent de s’évader de la mesure - comme la lutte contre le temps - ou de soulever des interrogations fondamentales sur les relations entre la vie et le temps.

La démarche du musée consiste à mettre en scène une partie des collections, pour passer d’une énigme à des interrogations. Il s’agit de faire émerger de multiples réflexions à la manière d’un kaléidoscope, avec des mots, des images et des objets, sur la façon dont les humains élaborent des réponses collectives ou intimes pour faire face à l’énigme du temps..