Créé en 1801 à l'initiative de Bonaparte qui avait choisi quinze villes en France pour diffuser un ensemble d'oeuvres provenant aussi bien des anciennes collections du roi ou des émigrés que de prises de guerre, notamment d'Italie, le Musée des beaux-arts propose aujourd'hui un panorama exhaustif des principaux courants de l'art occidental de la Renaissance à nos jours.
Ses collections de peintures, sculptures et dessins occupent la galerie sud situées côté jardin, du palais Rohan, actuel Hôtel de ville.
Le musée organise régulièrement des expositions temporaires qui sont présentées en ses murs ou dans la Galerie des beaux-arts située en face du musée et propose un programme culturel de rencontres, concerts, conférences, projections...
Des oeuvres essentielles du seizième au vingtième siècle, notamment du Pérugin, Brueghel de Velours, Pierre de Cortone, Van Dick, Van Goyen, Rubens, Chardin, Magnasco, Corot, Delacroix, Matisse, Kokoschka, côtoient un important ensemble des artistes bordelais Odilon Redon, Albert Marquet et André Lhote.
La peinture hollandaise y est particulièrement bien représentée.