Le musée comtois est installé depuis 1961 au Front Royal de la Citadelle de Besançon. Créé à l'initiative de l'abbé Garneret, il conserve et présente des objets et des documents témoignant de la vie et de l'histoire des hommes et des femmes de Franche-Comté.

Ses objectifs sont de veiller à la sauvegarde et à la diffusion de ce patrimoine régional mais également de l'utiliser pour mieux comprendre le monde et les problématiques d'aujourd'hui.

Le musée comtois s'ouvre également aux autres cultures grâce à la politique d'expositions temporaires qu'il mène depuis quelques années.