Dans leur présentation actuelle, les expositions permanentes du musée allient à la découverte des collections, la possibilité de visiter les monuments historiques qui les abritent. Il est possible d’accéder aux parties hautes du grand donjon du château et de la tour Solidor et aux remarquables panoramas maritimes et urbains qui se déploient autour de ces deux sites.

Historique des collections
Les collections du musée remontent à la décision prise par la ville de Saint-Malo de créer dès 1838 une galerie de portraits des personnages illustres de la ville, mais l’ancien musée du XIXe siècle a été en grande partie détruit en 1944 au cours des combats de la Libération de la ville.
Les collections actuelles évaluées à plus de 8500 biens sont centrées plus particulièrement sur l’histoire et le patrimoine maritime de Saint-Malo et de son pays environnant. La grande pêche à la morue sur les bancs de Terre-Neuve, le grand commerce maritime, la guerre de course avec les célèbres figures de Duguay-Trouin et de Surcouf, le long cours, la construction navale sont les principales sections de cette thématique.