Autrefois Saint-Genis-Pouilly s’appelait Pouilly-Saint-Genis (ou Saint-Genix). C’est en 1887 que l’appellation définitive, Saint-Genis-Pouilly, apparaît sur les registres de l’Etat Civil.

Pouilly, Cité romaine…
Pouilly vient du latin « Appoliacum » et il est probable que, sous l’occupation romaine, le temple du village fut dédié à Appollon !

A en juger par les nombreuses traces de vestiges antiques qu’on y a découvert, Saint-Genis-Pouilly paraît avoir été le siège d’une importante colonie romaine.

En fouillant le cimetière qui entoure la vieille église, on découvrit des caveaux et des cercueils renfermant des médailles, des chaînes en or et des monnaies dont le musée de Genève fit l’acquisition.

Le Moyen Age…
Au 15ème siècle, le hameau de Pouilly connut une ère de prospérité. De vastes terrains avaient été données par les comtes de Savoie aux bénédictins qui assainirent la région marécageuse, la mirent en culture et bâtirent une maison abbatiale.
Certains vestiges des voies de communications de l’époque attestent de l’immensité de cette abbaye.

Les Bernois rasent la ville…
Pouilly-Saint-Genix accueillait alors de nombreux étrangers qui venaient y chercher asile et trouver du travail. Au fil des ans, la bourgade s’aggrandit rapidement et devint assez considérable pour prendre le nom de ville : à ce titre, elle jouissait de nombreux privilèges.

Tel était l’état prospère de Pouilly-Saint-Genix lorsque les Bernois envahirent le pays en 1536. La ville, le monastère et les hameaux qui en dépendaient furent saccagés, brûlés, rasés. Seule resta debout l’église que les Bernois avaient transformée en magasin.

Au 17ème siècle…
Vers 1666, les quelques 300 habitants vivaient de façon fort simple : de la vigne, un peu de blé, du chanvre. Ils devaient entretenir « trois ponts de pierre, trois ponts de bois et deux planches », jetés sur les rivières le Lion et l’Allondon.
Ces ponts étaient plus une charge qu’un profit puisque seuls quelques mulets, chargés de marchandises et venus de Lyon pour rejoindre la Suisse, les empruntaient. Le produit du péage était donc bien maigre.

Une ville ouverte…
Au fil du temps, Saint-Genis prit de l’importance. Son relais des Postes Royales (à côté de l’actuelle chapelle) fit croître le bourg et Pouilly-Saint-Genix devint Saint-Genis-Pouilly !