Au IIème siècle ap. J.C., saint Martial (évêque de Limoges) s’installe dans les cavités calcaires des falaises. Ces cavités seront ensuite aménagées et utilisées comme habitation par les moines entre le IVème et le Xème siècle. On peut aujourd’hui visiter l’Ermitage Saint Martial qui fut l’un des premiers lieux de culte chrétien.

Mortagne fut ensuite le siège d’une puissante seigneurie installée dans le château fort surplombant l’Estuaire sur le haut de la falaise. L’autorité du seigneur était appuyée par le Prieuré des chanoines réguliers de l’ordre de Saint Augustin qui gérait alors 9 paroisses.

Durant la Guerre de cent ans, le château connu de nombreux sièges. En 1378, un jeune prince Yvain de Galles, allié du roi de France, fut assassiné par les anglais en défendant le château fort de Mortagne. En 1407, Mortagne fut définitivement délivrée des anglais par le seigneur François de Montberon et fut élevée au titre de principauté.

1580 les protestants s’emparent de Mortagne et détruisent le Prieuré et une partie de l’église romane. Louis XIII vient soutenir les opérations militaires en 1622 et délivre la principauté de Mortagne. Armand Jean-Duplessis, cardinal de Richelieu, ministre de Louis XIII sera prince de Mortagne de 1624 à 1642.

Le Port

Le bassin, dont le creusement fut commencé au XVIIIème siècle, fut élargi en 1906 par la Marine Nationale. Après avoir abrité des navires à voile de la «Royale», il reçut jusqu’en 1914 des navires militaires (contre-torpilleurs, sous-marins…). Ce bassin accueillit également des terre-neuvas et des cargos assurant un commerce régulier avec la Grande-Bretagne. La défaite en 1940 mit fin aux échanges commerciaux avec l’Angleterre ainsi qu’au cabotage à travers la Gironde.

Afin de réactiver les activités portuaires, la commune a réalisé la restructuration et l’aménagement tant du bassin que du chenal, au bénéfice des pêcheurs professionnels basés à Mortagne et des plaisanciers.