Comme l’atteste les multiples mesures de protection présentent sur Belle-Île-en-Mer, les espaces naturels sont ici particulièrement riches. Les écosystèmes rares et protégés s’égrènent tout autour de l’île : dunes grises et mobiles, landes littorales et landes à bruyères vagabondes (milieux spécifiquement insulaire), pelouse de haut de falaise et végétation des fissures.
Ces milieux fondent leurs richesses et leurs raretés par les espèces qui les composent. Ainsi, nombreuses sont les plantes protégées comme le plantain holosté (protection régional), la carotte gadeceau (protection national), les différentes espèces d’orchidée (protection national), la cuscute de godron (endémique – protection national),….
A la fragilité de ces plantes succède celle des espèces animales dont les meilleurs emblèmes sont les oiseaux nicheurs… Pour autant, il ne faut pas oublier les amphibiens (ex. lézard vert protégé au niveau européen), les papillons et autre curiosités plus discrètes.